CMSB 2023, Luxembourg

Táto cesta bola tajne plánovaná už veľmi dlho dopredu, no netušil som sa, že až tak vydarí. Nedávno som sa presťahoval do Heidelbergu (Nemecko) za novou prácou. Už keď som zvažoval, že pozíciu vezmem, tak sme s kolegami z Brna vedeli, že v neďalekom Luxembursku sa bude konať konferencia CMSB, ktorej sa tradične účastníme.

A to sa aj naozaj stalo. Celé to začalo v Brne, odkiaľ vyrazili kolegovia Sam, Eva a Ondra autom. Zhodou okolností, takmer presne po ceste do Luxemburska je aj Heidelberg. Boli sme dohodnutí, že sa zastavia po mňa a Lulu, ktorá má tiež svoje akademické korene v Brne v našom labáku Sybila. Predtým, ako me vyrazili, sme si ešte urobili nákup. Na miesto sme mali totiž doraziť pomerne neskoro a naše ubytovanie bol len jeden veľký byt, takže sme potrebovali raňajky. Cesta trvala ešte asi tri hodiny, miestami spomalená intenzívnymi búrkami. Keď sme dorazili okolo deviatej večer, tak sme si ešte spravili cestoviny na večeru a rozliezli sa na odpočinok. Tri izby sme si nejako podelili. Čakali nás manželské postele s ešte aj zdieľanou veľkou perinou, čo bolo mierne nepríjemné, ale poradili sme si.

Streda (13.9.)

Ráno sme sa pomaly zišli na raňajky. Zhodnotili sme, že sme toho kúpili priveľa a ostane nám aj na ďalší deň. Vydali sme na zastávku, odkiaľ mal ísť autobus do kampusu, kde sa konala konferencia. Autobus dosť meškal a bol riadne plný, ale zvládli sme to. Navyše, verejná doprava v celom Luxembursku je zadarmo, tak to bolo treba využiť. Na mieste nás smerovníky naviedli priamo do určenej miestnosti. Predtým, ako začali prednášky, sme sa zvítali so známymi. Predovšetkým s Davidom, pre niektorých bývalým a pre niektorých aktuálnym školiteľom.

Konferencia bola uvedená pozvanou prednáškou od Philippe Jacques, ktorý rozprával o jeho výskume o hľadaní efektívnych polypeptidov (napr. surfacin), a to buď z prírody alebo synteticky. Prednáška bola zameraná na hľadanie efektívnych spôsobov ako ich produkovať v bunke, kde sa uplatňovali prístupy systémovej biológie, konkrétne analýza sietí a hľadanie génov vhodných na knock-out.

Z ďalších častí dňa by som spomenul prednášku od Joachim Niehren, ktorý hovoril o novom Core SBML s cieľom definovať pre SBML (level 2) formálnu sémantiku. Z prednášky a neskorších diskusií som pochopil jeho cieľ, prečo je dôležité mať formálnu definíciu a prečo nestačí implementácia v nástroji, ktorý používajú modelári (už či je to Copasi, Simmune, Antimony, alebo čokoľvek iné). Čo bolo pre mňa ťažko akceptovateľné bol minimálny kontakt a snaha presadiť výsledky so štandardizačnou komunitou COMBINE.

Dôležitou časťou bola aj prezentácia Evy o phenotype control v booleaovských sieťach. Technicky to bola jej prvá prezentácia “naživo” na konferencii. Mala to naozaj veľmi dobre pripravené a zvládnuté, myslím že téma bola skvele vysvetlená a stihla to super aj časovo, reagovala na otázky vecne a pohoto. Bol užasný zážitok vidieť, ako sa z človeka, ktorý si nebol istý či chce robiť PhD vyvinul človek, ktorý vie čo robí a je expert v danej téme. Sybila môže byť hrdá!

Potom ešte nasledovala prezentácia softverových nástrojov. Niektoré som recenzoval aj ja, ale to už bolo celkom dávno, takže som si rád pripomenul o čom boli.

Na záver sa mala konať večera na tom istom mieste, ako bola konferencia. Tešili sme sa na jedlo, lebo v tomto ohľade konferencia moc bohatá nebola. Bohužiaľ sme boli sklamaní, pretože nakoniec prišlo iba pár jednohubiek, z čoho sa moc najesť nedalo. Tak sme sa sami zorganizovali a išli na do reštaurácie. Nejakým spôsobom nás nasledovalo ďalších asi desať účastníkov konferencie, ktorí sa k nám pridali. Po večeri sme sa odviezli smerom k nášmu ubytovaniu a prešli dole kopcom serpentínami cez les.

Štvrtok (14.9.)

Druhý deň konferencie som si musel privstať a ísť do kampusu skôr ako ostatní, lebo som mal hovor tesne pred prednáškami. Absolvoval som teda rovnakú procedúru cestovania ako predchádzajúci deň. Takto mierne skôr boli autobusy prázdne.

Mirco Tribastone začal prvou prednáškou tohto dňa, kde hovoril o metóde zvanej “lumping”. Táto technika na zjednodušovanie reakčných systémov je založená na princípe zoskupovania premenných. Redukcia zachováva chovanie modelov v “súčte” premenných. Toto by mohol byť potenciálny smer môjho výskumu (dokonca niečo, čo by šlo navrhnúť ako separátny projekt na postdoc pozíciu), ak by som sa niekedy vrátil k rule-based téme - aplikovanie tejto techniky na rule-based formalizmus.

Zo zvyšku dňa by som vyzdvihol poster session, ktorú moderoval Sam, a nasledujúcu sekciu o boolovských sieťach a analýze atraktorov, v ktorej bol veľmi často spomínaný a citovaný jeho nástroj Aeon. Obed bol znova dosť minimalistický, boli k dispozícii prakticky iba jednohubky a ovocie. Z poobednajšieho programu by som spomenul prednášku Vereny Wolf, ktorá hovorila o spojení mechanistických modelov a modelov strojového učenia. Poslednú časť oficiálneho programu dňa som vynechal a dal si pauzu na ubytovaní.

Podvečer sme mali naplánovanú komentovanú prehliadku centra mesta. Prehliadka bola zorganizovaná tak, že sme sa prakticky prešli okolo celého centra. Keďže nás bolo pomerne dosť, tak nás rozdelili na dve skupiny a každá išla opačným smerom. Sprevádzal nás lokálny obyvateľ, ktorý mal, ako inak, perfektnú angličtinu. Prehliadka trvala celkovo asi dve hodiny. Videli sme najzaujímavejšie miesta v centre aj okolí a dozvedeli sa mnoho informácií.

Celé centrum je postavené na skale, okolo ktorej ide roklina. To umožňovalo zaujímavé obranné možnosti, ako napríklad zaplavenie celej rokliny. Videli sme železničný most, ktorý postavili šikovne tak, aby z neho bol výhľad na celé mesto, keď človek prichádza do mesta. Pre svoju špecifickú lokáciu sa Luxembursko napriek snahe udržať si neutralitu muselo zapojiť do svetových vojen. Neutralitu sa snažili udržať napríklad tým, že poslali rovnaký počet vojakov na obe strany (Nemecko a Francúzsko). Zaujímavosťou je, že takmer 50% obyvateľov sú cudzinci. Pred nedávnom bolo referendum, či by cudzinci mali dostať volebné právo, a až 90% domácich hlasovalo proti. Prehliadku sme skončili pri parlamente, ktorý bol o niečo menší ako sídlo kráľa, aby to symbolizovalo, že kráľ má väčšiu moc. Dnes už má ale iba reprezentačnú funkciu.

Po prehliadke nás ešte čakala oficiálna večera v talianskej reštaurácii Porta Nova. Jedlo sme si vyberali dopredu, takže okrem štandardného chaosu, kto si čo vybral, to prebiehalo svižne. Podávalo sa víno, ja som dostal ako predjedlo niečo založené na baklažáne, ako hlavný chod rybu, a na dezert ovocný pohár. Na konci sme obklopili Davida, diskutovali a spomínali do noci.

Piatok (15.9.)

Posledný deň sme sa museli odubytovať z nášho bývania. Zvažovali sme rôzne možnosti, ale nakoniec sme si vybavili parkovanie v kampuse a išli tam ráno autom. Program na tento deň bol už iba dopoludnia. Okrem iného by som spomenul pozvanú prednášku, kde nám Jorge Goncalves rozprával o problémoch, ktoré majú výpočtové prístupy, keď máme nedostatok dát. Rozoberal problém “time-series” dát a ako predvedčiť biológov, že sú potrebné. Zaujímavá myšlienka bola, že napr. v robotike vieme ľahko rozlíšiť čo je kontroler a čo je systém, biológii je to často domiešané a komplikované cez spätné väzby.

Po rýchlom obede sme vyrazili do Heidelbergu, kde sme spoločne strávili víkend a mimo iné oslávili moje narodeniny.